Решая, установить в помещении несколько сплит-систем или одну мультисплит-систему, подумайте о том, какие цели вы преследуете. Если вы не хотите нагромождать фасад здания блоками кондиционеров, то Вам лучше купить мультисплит-систему. В противном случае, купите парочку сплит-систем.
Мультисплит-системы практически не отличаются от сплит-систем. Они имеют одинаковые функции и преимущества. У них есть пульт управления, таймер, способность охлаждать, нагревать, осушать воздух, дисплей. Различаются устройства конфигурацией.
Если сплит-система имеет один наружный и всегда один внутренний блок, то мультисплит-система внутренних блоков при одном внешнем имеет несколько.
При этом стоимость одной качественной мультисплит-системы скорее всего будет выше стоимости нескольких сплит-систем. Какую климатическую систему устанавливать специалистам, как правило, все равно. Они профессионально справятся с любым заданием.
Но Вам стоит понимать, что при поломке мультисплит-системы без прохлады останется весь дом. К сожалению, выход из строя одной сплит-системы, никак не повлияет на работу другой. 
Таким образом, мультисплит-системы отличаются лишь тем, что не загромождают фасад здания. 
В остальном выбор за Вами.